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L'Initiative du Millénaire pour la Science (MSI) et le Groupe d'Initiative pour la Science (SIG) ont défini les concepts qui ont finalement conduit à la création de l'AMMSI.
L'Académie des Sciences du Tiers Monde (TWAS) et l'Académie Africaine des Sciences (AAS) ont aidé à héberger et à faciliter la tenue de plusieurs rencontres pendant lesquelles l'AMMSI a été créée.
Les organisations suivantes ont procuré les fonds pour la phase pilote initiale de deux ans de l'AMMSI en 2005/2006 :
• la Fondation Mellon ;
• l'Union Mathématique Internationale (UMI)
